교육부로부터 학제신학대학원 설립 인가 - 목회신학과(신학석사), 목회상담학과(상담학석사), 2개 학과 정원 30명

지역개발대학원의 목회지도자과정을 학제신학대학원으로 이관

1998학년도 전기 신입생 선발 - 목회신학과 8명, 목회상담학과 22명, 목회지도자과정 22명, 목회상담지도자과정 60명

초대 원장으로 이문균 박사 취임

석사과정을 5학기제에서 4학기제로 학제 변경

입학정원 40명으로 증원

목회지도자과정을 ‘목회상담과정’으로 명칭 변경

제2대 원장으로 황청일 박사 취임

제3대 원장으로 김광률 박사 취임

목회상담학과를 ‘기독교상담학과’로 명칭 변경

이형득 박사를 예우교수로 초빙

목회상담과정과 목회상담지도자과정을 ‘기독교상담지도자과정(목회자과정, 목회자사모과정, 평신도과정: 2년제)’으로 명칭 변경, 장로지도자과정(2년제) 신설

찬양대지휘자과정(1학기제) 신설

입학정원 45명으로 증원

제4대 원장으로 장해동 박사 취임

제5대 원장으로 이달 박사 취임

여성지도자과정(2년제)과 교회영어교육사과정(1학기제) 신설

입학정원 50명으로 증원

장로지도자과정을 ‘교회지도자과정’으로 명칭 변경

제6대 원장으로 천사무엘 박사 취임

이중삼 목사(대덕교회)를 겸임교수로 임용

기독교상담지도자과정의 목회자과정, 목회자사모과정, 평신도과정을 통합, 찬양대지휘자과정을 ‘교회음악과정’으로 명칭 변경

교회음악과정 폐과

김순업 소장(김순업심리상담연구소)을 겸임교수로 임용

기독교상담지도자과정 폐과

조윤옥교수 기독교상담학과 전임교수 부임

백미숙 소장(백미숙학습상담연구소)을 기독교상담학과 겸임교수로 임용

입학정원 35명으로 조정

제7대 원장으로 조용훈 박사 취임

이상택 목사를 목회신학과 겸임교수로 임용

이미영 소장(나우가족치료센터)을 기독교상담학과 겸임교수로 임용

제8대 원장으로 이달 박사 취임

이봉섭 소장(숲나심리상담연구소)을 기독교상담학과 겸임교수로 임용

제9대 원장으로 천사무엘 박사 취임

제10대 원장으로 조용훈 박사 취임

정덕희 교수 겸직 임용(교양대학)

입학정원 25명으로 조정

제11대 원장으로 반신환 박사 취임